Die älteste Urkunde, in der „Morbier“ erwähnt wird, stammt aus dem Jahre 1799. Damals war der Käse bereits in Paris bekannt, was den Schluss zulässt, dass sein Ursprung weiter zurückliegt. Ursprünglich wurde er zu einem Zeitpunkt hergestellt, zu dem die Milcherzeugung niedrig war und nicht ausreichte, um ein „Comté“-Rad herzustellen. Die Produktion von „Morbier“ und die von „Comté“ sind eng miteinander verbunden.
Es gibt mehrere Theorien zum Ursprung der Herstellung von „Morbier“. Einer dieser Theorien zufolge wurde „Morbier“ hergestellt, weil in den Betrieben die Milch zweier aufeinander folgender Melkgänge benötigt wurde, um einen 8-10 kg schweren Käse herzustellen. Der erste Bruchlaib wurde mit unter dem Kessel entnommenem Ruß bestrichen, um ihn vor Verkeimung zu schützen und eine Veränderung der Oberfläche zu verhindern, bevor er mit dem Bruch aus dem nachfolgenden Produktionsgang zusammengeführt wurde.